ناکارآمدی نظام حکمرانی وزارت نیرو
 حدود دو دهه و  طی سه برنامه توسعه و تغییر سه وزیر، وزارت نیرو هنوز نتوانسته مهم‌ترین مسائل نهادی صنعت برق مانند نظام رگولاتوری و قیمت‌گذاری برق را برطرف کند. به نحوی که این صنعت حدود ۸۰ هزار میلیارد تومان بدهی انباشته دارد و با کمبود برق و خاموشی‌های سیستماتیک مواجه است. در واقع نظام بوروکراتیکی که نتوانسته حیاتی‌ترین مساله این صنعت یعنی نظام مدیریت بازار برق را به‌رغم در اختیار داشتن اختیارات تام ناشی از قانون سازمان برق (مصوب ۱۳۴۶) برطرف کند، آیا می‌تواند مسائل پیچیده‌تری مانند جایگزینی اقتصاد محصول‌محور را با  اقتصاد دانش‌بنیان راهبری کند؟ از همین رو دستگاه بوروکراتیک وزارت نیرو نشان داده  که در حل مسائل چند دهه گذشته از ارائه  راهکار سیاستی مقبول که بتواند اجماع دستگاه‌های اداری و حاکمیتی کشور را شامل شود ناتوان بوده است. بنابراین این نظام بوروکراتیک برای ساماندهی اقتصاد مبتنی بر دانش که نیازمند بسیج نظام نهادی پیچیده‌تر است، آمادگی لازم را ندارد.
ریسک‌گریزی شرکت‌های تابعه و وابسته وزارت نیرو
 یکی از پیش‌نیازها و الزامات ایجاد اقتصاد دانش‌بنیان در بخش برق و انرژی، ریسک‌پذیری زنجیره ارزش و نظام مالی حاکم بر شرکت‌های سمت تقاضا است. این درحالی است که جریان اصلی مالی بازار صنعت برق و انرژی از طریق شرکت‌های دولتی تابعه و وابسته وزارت نیرو به گردش در‌می‌آید و از مشخصه‌های اصلی این شرکت‌های وابسته نیز «ریسک‌گریزی» است. در نتیجه این ریسک‌گریزی، مقررات و رویه‌های حاکم بر نظام خرید این شرکت‌ها به نحوی است که تمامی ‌خطرات به‌کارگیری محصولات بر عهده عرضه‌کنندگان است و به‌دلیل شکاف رقابتی بین شرکت‌های ایرانی و چندملیتی و رهبری بازارهای جهانی، این مجموعه‌ها نمی‌توانند رویه‌های مبتنی بر کنترل‌های پیشین‌، یعنی گواهی‌های استاندارد فنی را که بر اساس ویژگی‌های محصولات جهانی تدوین شده است به‌ دلیل هزینه‌های بالا و عدم دسترسی در داخل، اخذ کنند.  در نتیجه شرکت‌های دانش‌بنیان و نوپای داخلی بر اساس مقررات حاکم که به نظر منطقی است، امکان ورود به بازار بزرگ این صنعت را ندارند. این در حالی است که رقابت با محصولات شرکت‌های تراز اول، نیازمند ریسک‌پذیری سمت تقاضای محصولات دانش‌بنیان یعنی شرکت‌های تابعه وزارت نیرو برای به‌کارگیری محصولات فناورانه در چارچوب ظرفیت‌های فنی و اقتصادی کشور بوده است. از آنجا که ۹۰ درصد بازار محصولات این بخش محدود به شرکت‌های وزارت نیرو بوده، عملا این شرکت‌ها نمی‌توانند از سد نظام فنی – بازرگانی شرکت‌های دولتی برای تجاری‌سازی محصولات خود بگذرند و در حد ساخت نمونه‌های آزمایشگاهی و غیرصنعتی باقی می‌مانند.
پیچیدگی نوآوری در بخش برق و انرژی
نوآوری و توسعه فناوری در بخش برق و انرژی به‌دلیل نیاز به تجهیزات آزمایشگاهی گران‌قیمت که تامین آنها برای شرکت‌های فناور نوپا و دانش‌بنیان عموما غیراقتصادی و دشوار است، نیازمند حمایت نهادهای تحقیقاتی ملی و عمومی ‌است، به نحوی که این شرکت‌ها بتوانند به تجهیزات آزمایشگاهی نهادهایی مانند پژوهشگاه نیرو دسترسی ارزان و سریع داشته باشند. در واقع توسعه اقتصاد دانش‌بنیان نیازمند تحقیق و توسعه مشترک بخش دولتی و بخش خصوصی در یک بستر حقوقی انعطاف‌پذیر است. این در حالی است که در ساختار‌های فعلی و نظام حاکم بر اداره این نهادها، امکان دسترسی ارزان و سریع به تجهیزات آزمایشگاهی برای انجام پروژه‌های تحقیق و توسعه مشترک وجود ندارد. در نتیجه شرکت‌های دانش‌بنیان و هسته‌های فناور کوچک، به رغم برخورداری از منابع انسانی نخبه و در تراز استانداردهای جهانی، نمی‌توانند بسیاری از فناوری‌های مورد نیاز را توسعه دهند. در نتیجه شرکت‌های متکی به فناوری‌های خارجی و در سطح تولید و مونتاژ در داخل رشد می‌کنند و شرکت‌های با فناوری نوآورانه یا شکل نمی‌گیرند یا توان رقابت با محصولات فناورانه شرکت‌های بین‌المللی را نخواهند داشت.
نوآوری مالی
از آنجا که سرمایه‌گذاری در توسعه فناوری‌های جدید و خلق محصولات دانش‌بنیان دارای ماهیت جسورانه و ریسکی است، نیازمند ابزارهای مالی نوینی در نظام تامین مالی بوده که فضای مناسب برای پوشش ریسک‌های سرمایه‌گذاری را فراهم کند و این مهم، تنها با «نوآوری مالی» در ایجاد ابزارهای مالی مانند قراردادهای اختیار معامله فناوری ممکن است. در حال حاضر، زیست بوم نوآوری کشور در سطح کلان و در بخش نیرو به‌طور خاص فاقد ظرفیت‌های حقوقی برای توسعه این ابزارها و به‌ کارگیری آنها است. در واقع نظام تامین مالی متکی بر ارائه وام و تسهیلات غیر‌ریسکی باعث می‌شود سرمایه‌های بخش خصوصی برای خلق فناوری‌های پرریسک و سرمایه‌بر وارد نشوند و بسیاری از محصولات و فناوری‌های مورد نیاز به‌رغم وجود بازار قابل قبول، توسعه پیدا نکنند.
اقتصاد یارانه‌ای برق و انرژی
 با توجه به نظام اقتصادی بخش برق که حجم زیادی یارانه پنهان را به مصرف‌کنندگان پرداخت می‌کند عملا بسیاری از فناوری‌های بهینه‌سازی در بخش‌های مختلف، غیر‌اقتصادی است و تا زمانی که اقتصاد کلان بخش برق و انرژی اصلاح نشود و قیمت‌ها به سطح اقتصاد بدون حمایت دولتی نرسد، سرمایه‌گذاری در توسعه فناوری در بیشتر حوزه‌ها غیراقتصادی بوده و امکان تامین مالی آنها از بازار بانکی و سرمایه‌ای کشور وجود ندارد و از آنجا که چشم‌اندازی برای بهبود اصلاح اقتصاد حوزه انرژی دیده نمی‌شود، نمی‌توان انتظار داشت رونق چشم‌گیری در بخش توسعه فناوری‌های این بخش دیده شود.
همچنین نباید فراموش کرد که در حال حاضر حدود ۳۰۰ شرکت دانش‌بنیان در حوزه برق و انرژی فعال هستند و حدود ۴۰۰ شرکت صنعتی نیز در این بخش محصولات فناورانه تولید می‌کنند این در حالی است که در بخش برق و انرژی سالانه به‌طور متوسط حدود ۵/ ۱میلیارد دلار تجهیزات فناورانه وارد می‌شود.